Oddelek za pogajanja deluje v okviru Službe Vlade za evropske zadeve. Ustanovljen je bil za podporo vodji in članom OPS pri pogajanjih.

Organizira in koordinira pripravo in oddajo pogajalskih izhodišč, izhodišč za konference o pogajanjih, dodatnih pojasnil in drugih gradiv, srečanja in obiske doma in v tujini.

Obvešča javnosti o procesu in napredku v pogajanjih z natančnimi in sprotnimi informacijami.

Pravno svetuje pogajalski skupini pri pripravi dokumentov in gradiv.

Prevaja strokovno zahtevna besedila za pogajanja in skrbi za enotnost prevodov.

Spremlja izpolnjevanje zavez, ki jih je Slovenija zapisala v pogajalskih izhodiščih, in poroča o izpolnjevanju ter opozarja na morebitne zaostanke.